أحال المستشار هشام بركات النائب العام محمد الظواهرى و67 آخرين للجنايات بتهمة إنشاء وإدارة تنظيم إرهابي يهدف الي تكفير سلطات الدولة ومواجهتها لتغيير نظام الحكم بالقوة والإعتداء علي ضباط وافراد ومنشآت وممتلكات القوات المسلحة والشرطة واستهداف الاقباط ودور عباداتهم واستحلال أموالهم وارتكاب أعمال إرهابية بهدف نشر الفوضي في البلاد وتعريض أمن المجتمع للخطر .
كشفت التحقيقات أن محمد الظواهري استغل التغييرات التي طرأت علي المشهد السياسي بالبلاد وعاود نشاطه في قيادة تنظيم الجهاد وأعاد هيكلته وربطه بالتنظيمات الإرهبية داخل البلاد وخارجها وذلك في فترة حكم الرئيس المعزول محمد مرسي وتمكن من إنشاء جماعة متطرفة وإمدادها بالأسلحة النارية ووضعها علي أهبة الإستعداد لمواجهة الدولة حال تصاعد احتجاجات ضد الرئيس المعزول محمد مرسي بهدف التأثير في أمن البلاد ومقوماتها الإقتصادية وانه تمكن بمعاونة الإرهابيين نبيل محمد عبد المجيد ومحمد السيد حجازي وآخرين من استقطاب بقية أعضاء التنظيم وتولوا إعدادهم فكريا وحركيا وتدريبهم عسكريا بأماكن اجتماعاتهم السرية بمنيا القمح ومزرعة بناحية العدلية مركز بلبيس بمحافظة الشرقية ومسجد تحت الإنشاء بالمطرية ومخزت بمدينة 6 أكتوبر محال إقامة بعض أعضاء التنظيم .
وتبين من التحقيقات أن المتهمين قسموا التنظيم لخلايا عنقودية منفصلة هربا من الملاحقة الأمنية وتخصصت كل خلية في تنفيذ ما اسند لها من مهام وهي دراسة اساليب رصد المنشآت والافراد وطرق التخفي وكشف المراقبة والتدريب العسكري علي استخدام الاسلحة النارية وتصنيع المتفجرات وزرعها كما دعموا التنيظم بالسلاح والأموال كما أن النظيم دفع ببعض عناصره للإشتراك مع تنظيم القاعدة في عمليات عسكرية بدولة سوريا ضمن جماعة الطائفة المنصورة ودولة الإسلام في العراق والشام ثم امرهم بالعودة عقب أحداث 30 يونيو لتنفيذ المخطط الإرهابي المشار إليه .
واشارت التحقيقات إلي اعتراف 25 متهما تفصيليا بدورهم في الجرائم المنسوبة إليهم بتمويل الإرهاب والشروع في قتل ضباط الشرطة وحيازة أسلحة ثقيلة وصور لبعض المنشآت مثل السد العالي ومديريات الأمن ومحطة القمر الصناعي .