حصل يوسف شاهين على عدد كبير من الجوائز والتكريمات، منها جائزة الإنجاز مدى الحياة من مهرجان كان السينمائي، وجائزة التانيت الذهبية من أيام قرطاج السينمائية عن فيلم «الاختيار» عام 1970، وجائزة الدب الفضى من مهرجان برلين السينمائي عن فيلم «إسكندرية.. ليه؟» عام 1979.

كما حصل على جائزة أفضل تصوير من مهرجان القاهرة السينمائي عن فيلم «إسكندرية كمان وكمان» عام 1989، وكان لفيلم «المصير» نصيب كبير من الجوائز، منها جائزة من مهرجان أميان السينمائي الدولي عام 1997، وجائزة الإنجاز العام من مهرجان كان السينمائي في نفس العام.

«قاسم»: ظاهرة فنية لن تتكرر ومؤسس وقدوة لكثير من المخرجين

ومن الجوائز أيضاً جائزة فرنسوا كاليه من مهرجان كان عن فيلم «الآخر» عام 1999، وجائزة اليونيسكو من مهرجان فينيسيا السينمائي عن فيلم «11/9/2001» عام 2003. ولا يمكن إغفال فيلم «جميلة»، الذي مثّل مصر فى مهرجان موسكو السينمائى الدولى وحقق نجاحاً شعبياً كبيراً فى تناول قصة المناضلة جميلة بوحريد، رغم أنه لم يحصل على جوائز رئيسية باسمه. ومن الأفلام المميزة أيضاً «ابن النيل» الذي حقق نجاحاً كبيراً وشارك في مهرجانات عالمية مهمة، حيث اختير للمنافسة في مهرجان كان السينمائي ورُشح لجوائز دولية مثل Prix International عام 1952، وحصل على جائزة من مهرجان نيودلهى، كما عُرض فى مهرجان البندقية، واعتُبر من أفضل 150 فيلماً في تاريخ السينما المصرية.

ومن أبرز محطات مشواره تكريمه بوضع مقتنياته في متحف السينماتك الفرنسى، حيث أقيم معرض كامل لمعظم مقتنياته ووصفه القائمون عليه بأنه «مستودع كامل لأرشيف شاهين»، ويضم المقتنيات والسجلات التي حُفظت منذ وفاته عام 2008. ولجمع هذه الوثائق نُفذت مهمتان فى القاهرة عامَى 2010 و2013 ضمتا مدير قسم الصيانة ورئيس قسم المحفوظات فى السينماتك الفرنسى، وتم جردها وتقييم حالتها، ثم عُقدت اتفاقات قانونية لنقلها إلى باريس فى ديسمبر 2014، حيث ضمت ملصقات وصوراً فوتوغرافية وجوائز وأرشيفاً ورقياً، وبدأت عملية الصيانة فى يناير 2015 بمساعدة عائلته فى تحديد وترجمة المواد المكتوبة بالعربية.